Razlika med obema modeloma je predvsem v načinu priklopa. Pri 5900 je namreč podprt vmesnik USB 2.0, ki omogoča precej hitrejši prenos podatkov, kar je pri bralnikih s tako visoko ločljivostjo in tako hitrimi koračnimi motorji zelo pomembno. Paket programske opreme je pri vseh Microtekovih izdelkih enak, prav tako ni nobenih razlik pri vmesniku TWAIN.