Vendar ima tak način dve pomanjkljivosti. Dokler sem v Linuxu prijavljen kot običajen uporabnik, lahko datoteke z okenskega diska samo berem, tiste, ki bi jih želel tudi spremeniti, pa moram bodisi najprej prepisati v enega od Linuxov imenikov ali pa se prijaviti kot skrbnik. To je seveda lahko tudi prednost, saj so tako datoteke na okenskem disku varnejše.