Drugič, ko program enkrat namestimo - bodisi kot arhiv tar s prevedenimi programi ali z ukazom make install, je njegova odstranitev pravo detektivsko delo. Zelo potrpežljivo moramo bolj ali manj ročno poiskati vse datoteke, ki jih je namestil. Nekatere od njih morda uporablja še kak drug program, a to bomo najverjetneje ugotovili šele, ko bomo tega poskusili pognati.