Spremenljivki smo, spomnimo se, nastavili z makroukazom AM_INIT_AUTOMAKE v datoteki configure.in. Nastavljanje spremenljivk - ali, splošneje, makroukazov predprocesorja - je običajen način, kako configure prilagodi program različnim strojnim in programskim okoljem. Kako configure ve, katere makroukaze naj nastavi?