Spomnimo se, da smo v datoteki configure.in uporabili makroukaz AM_INIT_AUTOMAKE, ki je pripravil začetne nastavitve za Automake. Makroukaz AM_INIT_AUTOMAKE ni del standardnega nabora makroukazov, ki jih pozna Autoconf, zato ga moramo definirati posebej. Autoconf privzeto razen svojega nabora ukazov prebere še ukaze iz datoteke aclocal.m4 ter iz nje in datoteke configure.in ustvari datoteko configure.