Osnovna težava izvira iz same definicije sintakse jezika, saj ima posamezni dokument XML v splošnem različne predstavitve v digitalni obliki. Ker je digitalno podpisovanje operacija, ki deluje nad nizom binarnih znakov, dokument težko vsebuje enolično določen digitalni podpis.
Podoben problem, recimo, nastane v delih dokumenta (fragments), ki jih lahko vključujemo v različne starševske dokumente.