WinDoctor odkriva in odpravlja sistemske težave, predvsem manjkajoče in nepravilne bližnjice ter napake v registru (registry). Za urejanje slednjega skrbi poseben program z - logičnim - imenom Registry Editor. Precejšnjo slavo je v preteklosti dosegel tudi Disk, ki zaznava pogosto precej resne diskovne težave in večino tudi samodejno odpravi.