Verjetno najpomembnejša je vgradnja Bayesovih pravil, a ta tu delujejo nekoliko drugače.
SpamAssassin pošto razvrsti glede na rezultat, ki je seštevek vseh pravil, ki se ujemajo s pregledovanim sporočilom. Verjetnost pri razvrščanju po Bayesu pri SpamAssassinu zgolj doda nekaj točk k skupnemu rezultatu.