Čeprav so prvotno načrtovali izdelavo dveh različic izvajalnega sistema, prva naj bi za ceno zmogljivosti žrtvovala gospodarnost z viri, druga pa naj bi bila namenjena strežnikom in bi imela ravno nasprotne prioritete, so na koncu izdelali tako učinkovit izvajalni sistem, da je CLR le en sam.
Prav tako kot JVM tudi CLR skrbi za samodejno sproščanje pomnilnika (garbage collector), vendar dopušča tudi izvajanje t. i. 'nenadzorovane' kode, ki mora s pomnilnikom upravljati sama, hkrati pa lahko uporablja pomnilniške kazalce. Tem programerskim tehnikam se je java na rovaš večje trdoživosti kode popolnoma odpovedala.