Jedro programa ni doživelo bistvenih sprememb, so pa zato programu dodali niz novih možnosti. Poleg preverjanja virusov v datotekah in sporočilih v elektronski pošti zna PC-Cillin 2003 pregledovati tudi morebitne viruse in črve v spletnih programih, recimo poštnih sistemih Hotmail in Yahoo Mail. Pri tem pregleduje tako skriptne programe kot tudi kontrolnike ActiveX, ki bi lahko potencialno ogrozili uporabnike.