Razvijalci FreeBSD so namenili veliko pozornosti zagotavljanju varnega izvajanja programov. Nekatere izboljšave zajemajo popravke za OpenSSH in TCP SYN. Dodana je tudi podpora PAM (Pluggable Authentication Modules), ki podpira integracijo različnih sistemov avtentikacije, kot so Kerberos in pametne kartice Smartcard.