Po tem, ko smo namestili Linux in je strežnik zmožen komunicirati z omrežjem, moramo poskrbeti za varnost. Najpomembnejši, ne pa edini del varnosti je požarni zid. Večina linuxovskih distribucij, ki jih lahko namestimo danes, ima jedro 2.4, katerega novost so iptables, zelo prilagodljivo orodje za nastavljanje pravil, po katerih jedro obravnava paketke IP.