Na zagonski sektor diska (Master Boot Record), kjer povozimo zagonske podatke Windows, saj bo to delo zdaj opravil LILO oziroma GRUB. Opozorilo: Okna 95/98/Me bodo ob morebitni novi namestitvi ta sektor prepisala (saj ne vedo, da je na svetu še kaj razen njih) in boste morali LILO ali pa GRUB znova namestiti, sicer ne boste mogli pognati Linuxa (razen z loadlin ali disketo)! To naredimo tako, da za zagon uporabimo zagonsko disketo, se prijavimo kot root in v ukazni vrstici poženemo ukaz /sbin/lilo.