Kljub temu da so šifrirni algoritmi enaki, je IPSec novost, kar zadeva raven izvajanja. Iz programskega sloja je potisnjen niže, med transportni (TCP) in omrežni (IP) sloj. Za šifriranje podatkov tako ne skrbi več namenski program, temveč operacijski sistem (oziroma usmerjevalnik).