Protokol ISAKMP zato uporablja zelo kompleksne in zahtevne mehanizme za zagotavljanje varnosti v omrežjih s protokolom IPSec. Vsak delček informacije mora biti šifriran in hkrati zagotavljati verodostojnost izvora. Nihče nepooblaščen ne sme imeti dostopa do podatkov o ključih; ti se lahko izmenjujejo le med avtoriziranimi uporabniki.