Bistvena razlika med njima je v tem, da DiscJuggler ni namenjen toliko presnemavanju zaščitenih nosilcev, kot je to odlika CloneCD, ima pa zato neprimerno zmogljivejši uporabniški vmesnik, ki zelo poenostavi delo z več pogoni hkrati. To pa seveda ne pomeni, da DiscJuggler ne zmore prebrati nobenega zaščitenega nosilca, saj primerja izvirnik in dvojnik na zelo nizki ravni, težave mu povzročajo le najbolj trdovratne zaščite. Z DiscJugglerjem lahko zapisujemo po naslednjih standardih:-9660, Joliet, UDF, El Torito (zagonski CD), HFS in Bridge (poljubna kombinacija prejšnjih).