Med zapisi, ki jih program omogoča, ne najdemo zapisa HFS, ki je namenjen rabi v računalnikih Macintosh. CD-Maker prav tako ne omogoča uporabniku, da bi sam preizkusil, kakšna je največja hitrost zapisovanja, ki jo dani sistem dopušča. Malce zamudno pa je tudi spreminjanje imena skladb oziroma datotek na seznamu za snemanje, saj moramo vsakič sproti odpreti okno z lastnostmi in v njem popraviti ime.