Postal je tudi ravnatelj biblijskega zavoda v Urachu. Po krajši vrnitvi v Ljubljano je oblasti dokončno razkačil z izdajo Cerkovne ordninge- prvim Cerkveno- pravnim besedilom v slovenščini, v katerem je opisal, kako naj deluje protestantska skupnost v slovenskih deželah. Deželni je dal naklado okoli 400 izvodov uničiti- ohranil se je le en primerek, za katerega skrbijo v Vatikanu. Trubar je umrl v izgnanstvu, vèlikega so z visokimi častmi pokopali v Derendingenu.