Se pa ukvarja bioinformatika tudi z analizo podatkov eksperimentov, pri nas recimo veliko delamo z eksperimentalnimi podatki iz DNA čipov, mikromrež. Pri tem spremljamo, kako se geni izražajo v odvisnosti od nekega pogoja, za celoten organizem, se pa bioinformatika ukvarja tudi z računalniškim modeliranjem nekaterih bioloških procesov npr. zvijanja proteinov, interakcij med proteini ipd.
Večina načrtovanje genskih manipulacij poteka na računalniku, laboratorijsko delo je tako le rutina.