Potem so pa bolniki zlasti z nezdravljeno celiakijo izpostavljeni bistveno večjemu tveganju za celo vrsto bolezni, predvsem avtoimunske bolezni, bolezni žlez z notranjim izločanjem, diabetesa tip 1, bolezni ščitnice in celo nekaterih malignih bolezni. Pomembno je vedeti nekaj. Po drugi strani pa so ti bolniki, ki imajo te bolezni, npr. diabetes tipa 1, tista skupina, pri kateri je smiselno iskati tudi asimptomatsko celiakijo, ker imajo večje tveganje za pojav celiakije.