Ker če pogledamo, najpomembnejša značilnost Barja je voda in na Ljubljanskem barju je to Ljubljanica. Je glavni vodotok, za katero lahko rečemo, da na začetku Barja spada v drug kakovostni razred, nato se pa nekje v predmestjih Ljubljane, se pa njena kakovost znatno poslabša, zato so čistilne naprave tako pomemben segment pri odpravljanju vplivov na okolje. Se pravi, da bi lahko rekli, da so čistilne naprave in kanalizacija ključni za sleherni ekosistem ali je to odvisno od kakšnih posebnosti?