Morajo biti neodvisne tako, da imajo avtonomno odgovornost za svoje delovanje in da na njihove sklepe ter zaključke ne morejo vplivati tretje osebe, kot so visokošolske institucije, ministrstva ali drugi partnerji. Agencije morajo imeti jasne in javno dostopne cilje ter poslanstvo, oblikovani pa morajo biti tudi postopki za njihovo lastno odgovornost ter kakovost delovanja.
Poleg evropskih standardov in smernic Slovenijo kot članico EU zavezujejo tudi... predpisi s področja visokega šolstva.