Za člana agencije ne morejo biti imenovani tisti, ki vodijo visokošolske zavode ali sprejemajo najpomembnejše odločitve na teh institucijah. Drugi organ agencije je direktor, ki je upravljavski oziroma poslovodni organ agencije. Pritožbena komisija je tretji organ, imenuje jo svet agencije, pritožba je možna le na kršitev pravil in ne na vsebino odločitev zaradi dokončnosti evalvacijskega poročila skupin strokovnjakov.