Organizacijska struktura in kadrovska obeh direktoratov na dveh ministrstvih je pomanjkljiva. Nejasno so določena razmerja med direktoratoma, naloge in pristojnosti med njima se prekrivajo, kar ovira določitev razmerja strateških in operativnih dejavnosti. Pomanjkanje usklajenega in enotnega delovanja slabi možnost strateškega razvojnega načrtovanja in uresničevanja proaktivnega pristopa pri razvoju informacijske družbe ter tudi tvornega sodelovanja v delovnih skupinah Evropske unije.