Kritičnega pomena je, da sistem internega nadzora o porabi evropskih sredstev prav tako dobro deluje in dosega izboljšave. Temu vprašanju se sedaj vse bolj daje prioriteta tako na evropski kot nacionalni ravni. Evropska komisija trenutno izvaja akcijski načrt za doseganje integriranega okvira internega nadzora za evropska sredstva.