V drugem sklopu predlagane zakonske spremembe posegajo tudi v carinske preiskave, v katerih je v dosedanji praksi izvajanje pooblastila pokazalo, da je treba nekatera vprašanja urediti drugače in dodati nekatera nova pooblastila. Pri carinskih preiskavah se kot nova pristojnost uvaja možnost pečatenja prostora in dokumentov, če je to potrebno za izvedbo preiskave. Carinski preiskavi se daje nova kvaliteta, saj se dviguje standard, ki je predpostavka za začetek preiskave na utemeljene razloge za sum, da je določena oseba kršila predpise s pristojnosti službe.