V praksi delovanja omenjene komisije so se pojavile težave, kajti komisija mora svoje mnenje sporočiti sodišču oziroma zavodu za prestajanje kazni zapora nemudoma, saj mora sodišče o zahtevi za odlok odločiti v osmih dneh od prejema prošnje, kar pa se je izkazalo kot nemogoče.
Ustanovitev te komisije torej ni prinesla zaželenih posledic in je celo zmanjšala obseg obsojenčevih pravic zaradi dolgotrajnosti postopka.
Druga prav tako pomembna sprememba je ureditev odložitve prestajanja uklonilnega zapora.