Naslednja ugotovitev je neustrezno načrtovanje evropskih sredstev, na kar je opozorila tudi Evropska komisija. Po njeni oceni je napaka pri napovedi za leto 2007 znašala 101% in je največja med državami članicami. Prav tako Republika Slovenija nima ustrezno urejenega sistematičnega in celovitega spremljanja podatkov o prilivih in odlivih v evropskih proračun in celovite informacije o evropskih sredstvih, ki so služile za oceno stanja in vodenja politike in morebitnih ukrepov.