Program Vodnega sklada potrdi resorni minister. Predlogi pa se zbirajo stihijsko in izbirajo predvsem netransparentno, brez vnaprej znanih in enoznačnih meril, brez možnosti enakopravnega sodelovanja vseh regij države za evidentiranje potreb. Iz poročil ministrstva izhaja, da so investicije Vodnega sklada zelo neenakomerno in neuravnoteženo razporejene po celotni državi in sledijo stopnji poplavne ogroženosti območij, v katera se investira.