Pri svojih ugotovitvah pa je posebej izpostavilo neustrezno prikazana izplačila sredstev upravičencev za vlaganja v javno telekomunikacijsko omrežje in nepravilno razvrščanje odhodkov med tekočimi transferji in tekočimi odhodki v predlogu splošnega dela zaključnega računa. Poseben problem predstavlja tudi neustrezno izkazan prevzem dolga od Agencije za železniški promet, čeprav ni vplival na izrek mnenja o splošnem delu zaključnega računa. Pri ocenjevanju nepravilnosti izvršitve proračuna za leto 2007 je bilo tako ugotovljenih pet neskladij s predpisi o zaposlovanju, sedem neskladij s predpisi o prevzemanju obveznosti iz proračuna, tri neskladja s predpisi o javnih naročilih ter petnajst neskladij s predpisi pri obdelovanju transferjev; očitno preveč.