Ena ključnih pomanjkljivosti je, da še vedno ni dokončano vzpostavljanje evidenc kmetijskih zemljišč in gozdov v lasti Republike Slovenije, da bi sploh vedeli, s kakšnim premoženjem sklad dejansko upravlja oziroma gospodari. Posledično so neurejene tudi zakupne pogodbe, pri katerih bi morali imeti prednost tisti zakupniki, ki dejansko opravljajo kmetijsko dejavnost in so skladni s cilji kmetijske politike.
V poslanski skupini menimo, da se sklad glede na podatke o poslovanju sklada v letu 2007 iz kmetijskega in gozdarskega sklada spreminja v nepremičninskega, saj je razvidno, da je sklad največ prihodkov pridobil od prodaje nepremičnin.