Mesto dejansko ni več pripravljeno financirati Botaničnega vrta, ker vrt spada pod Univerzo, tudi ali pa predvsem zaradi Računskega sodišča, ki trdi, da gre v tem primeru za nenamensko porabo občine. Po drugi strani pa ministrstvo, recimo Ministrstvo za kulturo, izdatno podpira Arboretum Volčji Potok, zagotavlja plače za skoraj 40 zaposlenih, pa ni kakšna posebna kulturna ustanova nacionalnega pomena. Dejstvo je, da imajo prav vse inštitucije, ki bi morale biti poklicane za ureditev statusa in ureditev pogojev za delovanje univerzitetnega botaničnega vrta v Ljubljani do njega izrazito mačehovski odnos in si pred temi problemi zatiskajo oči že vrsto let.