Vlada Republike Slovenije je tista, ki vsakoletno potrdi program dela sklada in finančni načrt sklada. Vlada je tudi ob tej vsakoletni potrditvi s posebnim sklepom odločala o namenu porabe tega presežka: ali je bil presežek porabljen za nakazilo v proračun, ali za nakup kmetijskih zemljišč in gozdov ali za odškodnine v skladu z 72. členom zakona o denacionalizaciji. Računsko sodišče pa je v zadnjih letih nasprotovalo, da se v okviru sprejemanja programa dela in finančnega načrta sklada določi tudi način porabe teh sredstev, tako da je bilo treba sredstva nakazovati v proračun.