Kljub temu pa ima sklad ob revizijah poslovanja, ki jih opravlja Računsko sodišče Republike Slovenije, v zadnjih letih težave zaradi razumevanja te določbe, tako da je potrebno v proračun nakazati celotni presežek prihodkov nad odhodki, ne glede na s strani Vlade Republike Slovenije sprejet program dela in finančni načrt. Potrebno je opozoriti, da sklad ni neposredni proračunski porabnik in si sredstva za opravljaje nalog zagotavljajo izključno iz svojega poslovanja. Takšno ozko tolmačenje petega odstavka 9. člena zakona tako postavlja pod vprašaj izvajanje ključnih nalog, ki mu jih nalaga zakon.