Naloga sklada in temeljni cilj njegovega delovanja so opredeljeni v Zakonu o Skladu kmetijskih zemljiščih in gozdov Republike Slovenije. Sklad izvaja slovensko kmetijsko zemljiško politiko in kot dober gospodar zemljišč v lasti države vodi promet s temi zemljišči, jih daje v zakup oziroma za gozdove podeljuje koncesije in je hkrati zavezanec za vračilo kmetijskih zemljišč in gozdov v postopkih denacionalizacije. Kljub temu pa ima sklad ob revizijah poslovanja, ki jih opravlja Računsko sodišče Republike Slovenije, v zadnjih letih težave zaradi razumevanja te določbe, tako da je potrebno v proračun nakazati celotni presežek prihodkov nad odhodki, ne glede na s strani Vlade Republike Slovenije sprejet program dela in finančni načrt.