Za nakupe gozdov in kmetijskih zemljišč mora seveda sklad razpolagati tudi z lastnimi viri za nakupe, med katerimi je najpomembnejši vir predstavlja presežek prihodkov nad odhodki. Po drugi strani pa peti odstavek 10. člena zakona določa, da je presežek prihodkov nad odhodki iz sklada v skladu s finančnim načrtom in programom sklada prihodek proračuna Republike Slovenije. Računsko sodišče Republike Slovenije je ob reviziji pravilnosti in smotrnosti poslovanja sklada za leti 2003 in 2004 določilo, da mora sklad celoten presežek prihodkov nad odhodki iz let 2003 in 2004 nakazati v državni proračun, kar je sklad v letu 2006 tudi storil.