Tako je Vlada Republike Slovenije v letih od 2001 naprej ob sprejemu programa dela in finančnega načrta s posebnim sklepom odločala tudi o namenu porabe tega presežka. Kljub temu pa ima sklad ob revizijah poslovanja, ki jih opravlja Računsko sodišče Republike Slovenije, v zadnjih letih težave zaradi razumevanja te določbe, tako da je potrebno v proračun nakazati celotni presežek prihodkov nad odhodki, na glede na to, da je s strani Vlade Republike Slovenije sprejeti program dela in finančni načrt. S prihodki sklada, ki izvirajo iz gospodarjenja s kmetijskimi zemljišči, kmetijami in gozdovi, ki so v lasti Republike Slovenije, gospodari direktor sklada v skladu s programom dela in finančnim načrtom, ki ga sprejme svet sklada s soglasjem vlade.