Na podlagi navedene zakonske podlage se v letu 2007 v Ministrstvo za promet oblikuje nov organ v sestavi, direkcija za vodenje investicij javne železniške infrastrukture, ki prevzame izvajanje določenih nalog in programov na področju železniškega prometa, ki jih je do sedaj izvajala javna agencija za železniški promet, medtem ko slednja prevzame novo nadzorno in varnostno funkcijo. Glede na to, da se s spremembami zakona o železniškem prometu financiranje, vzdrževanje investicijskih dejavnosti prenaša na Ministrstvo za promet, je z rebalansom proračuna temu potrebno zagotoviti tudi pravice porabe za financiranje, gradnje in vzdrževanje javne železniške infrastrukture in za zagotavljanje lastne udeležbe na projektih, sofinanciranih s strani EU-ja, saj določila poroštvenega zakona glede na novo organizacijsko shemo postanejo brezpredmetna. Hkrati se s prerazporeditvami v okviru finančnega načrta zagotavljajo sredstva za plače in materialne stroške nove
organizacijske strukture ministrstva.