Ob prenosu pristojnosti se bodo prenesla finančna sredstva agencije v državni proračun, hkrati pa se bo v letošnjem letu v državni proračun prenesel tudi dolg navedene agencije v višini 110,4 milijonov evrov. V ta namen je z rebalansom državnega proračuna v finančnem načrtu Ministrstva za finance že načrtovanih 14,1 milijonov evrov, ki so bili v sprejetjem proračunu predvideni za odplačilo glavnice in obresti pri Ministrstvu za promet kot transfer, namenjen javni agenciji za železniški promet. Na tem mestu bi želel poudariti, da sta v letošnjem letu stopila v veljavo dva zakona, ki omogočata udeležbo zasebnega kapitala v javnih projektih in ki bosta v prihodnosti doprinesla k razbremenitvi proračuna.