Zavezanec, ki ima prihodke tudi iz drugih dejavnosti, ki niso vključene v sistem davka na tonažo, pa mora voditi ločeno knjigovodsko evidenco. Dnevno osnovo za izračun davka na tonažo za posamezno ladjo se izračunava na podlagi neto tonaže ladje, ki se pomnoži z zneski. Tukaj obstaja tabela, in sicer do prvih tisoč ton je ta znesek 0,90 evra na dan za 100 ton.