Vendar z namenom konkretiziranja postopkov v zvezi z gospodarjenjem s kmetijskimi zemljišči in glede na zahtevo Računskega sodišča je sklad sprejel v letu 2006 tudi poseben Pravilnik o zakupu kmetij in kmetijskih zemljišč v lasti Republike Slovenije in v gospodarjenju sklada KZGRS. S tem pravilnikom so se podrobneje določili postopek, merila in pogoji za zakup kmetijskih zemljišč. Po informacijah s sklada naj bi ta pravilnik tudi pripomogel k še večji transparentnosti delovanja na tem področju.