Po zadnjih dostopnih podatkih glede lastništva Pomorske družbe je lastništvo razdeljeno na Istrainvest, d.d. in druge zasebne lastnike. Družba Istrainvest je lastnica pretežnega poslovnega deleža Pomorske družbe. Uprava družbe Splošna plovba, Portorož, je v skladu z Zakonom o gospodarskih družbah za svoje poslovne odločitve odgovorna nadzornemu svetu družbe in ne Vladi Republike Slovenije.