Leta 1999 je zaradi nerešenega statusa centra in zaradi potencialnega razvojnega pomena centra za slovensko kmetijstvo, Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano skupaj z ustanoviteljema ter Kmetijsko gozdarsko zbornico pripravilo idejno zasnovo novega centra in v letu 2000 podpisalo že omenjeno pogodbo o preoblikovanju centra v javni zavod. Od leta 2001 dalje so potekala sanacijska in obnovitvena dela na kulturno zaščitenih objektih na gradu Jablje v sodelovanju z Ministrstvom za kulturo in na komunalni opremi, hkrati je potekalo tudi prestrukturiranje kmetijske proizvodnje, opremljanje z najnujnejšo opremo in mehanizacijo ter vračanje zemljišč v procesu denacionalizacije. S sklepom Vlade Republike Slovenije je bil leta 2006 grad Jablje prenesen, samo grad Jablje, prenesen v upravljanje na Ministrstvo za zunanje zadeve.