Posledice spremembe se kažejo v neustrezni in neracionalni delitvi dela med agencijo za železniški promet kot upravljalca in železnico kot pooblaščenim upravljavcem, razdrobljenost že tako pičlih strokovnih zmogljivosti, nezagotavljanje sredstev, predvsem iz evropskih strukturnih skladov in posledično v splošnem poslabšanje stanja javne železniške infrastrukture, pomanjkanje dokumentacije za ključne razvojne projekte, neracionalnem izvajanju nalog v domačem in mednarodnem okolju ter v bistveno večjem administriranju, višjih stroških in zmedi, ki v zvezi s tem nastaja tudi v razmerju do poslovnih partnerjev. Nesprejemljivo je, da kljub sprejetemu zakonu februarja 2003, odvisne družbe Holdinga Slovenskih železnic še niso začele poslovati. Vzrok je v tem, da razmejitev pristojnosti med Holdingom Slovenskih železnic in novoustanovljenimi odvisnimi družbami doslej še ni bila urejena.