Ministrstvo za promet bo poleg svojih temeljnih funkcij vodilo tudi investicije v javno železniško infrastrukturo in s tem povezanim pridobivanjem sredstev iz evropskih strukturnih skladov. V ta namen bo ustanovljena nova direkcija za vodenje investicij v javno železniško infrastrukturo. Ministrstvo za promet bo izvajalo tudi naloge regulatornega organa.