Po novi ureditvi bo Javna agencija za železniški promet opravljala vse funkcije, ki zagotavljajo prevoznikom nediskriminatoren pristop do železniške infrastrukture, se pravi, uporabnine, licence in vlakovne poti, funkcijo zagotavljanja varnosti in urejenosti železniškega prometa, to so naloge varnostnega organa in nadalje funkcije nadzor nad prevozniki in priprave ter izdajanja podzakonskih predpisov in izvajanja ukrepov v zvezi z uporabo tehničnih specifikacij. Slovenske železnice bodo opravljale funkcije upravljavca infrastrukture, izvajale gospodarske javne službe, odgovorne bodo tudi za varen in urejen železniški promet. Poleg tega pa bodo izvajale prevoze v potniškem in tovornem prometu.