Zato so predvideni naslednji organi in organizacije, ki so povezane z železniškim prometom. Ministrstvo za promet opravlja naloge regulatornega organa, potrjuje vozni red in določa priglašeni organ, ki bo izdajal certifikate o skladnosti in druga dovoljenja za obratovanje železniških podsistemov. V sestavi Ministrstva za promet je tudi Direkcija za investicije v javno železniško infrastrukturo, ki bo vodila investicije v javno železniško infrastrukturo.