Samo zavarovano območje je veliko 413 hektarjev in v celoti leži v občini Divača. Zajema sotesko reke pred ponorom v Škocjanske jame, ponorni del z Veliko in Malo dolino, površje nad celotnim jamskim sistemom ter niza vdornic na južnem in severnem delu. Znotraj parka so še posebej zavarovani številni naravni in kulturni spomeniki.