V prvi polovici leta 2005 agencija za železniški promet ni imela zagotovljene lastne udeležbe projektov, hkrati pa je bilo ugotovljeno, da je agencija za železniški promet v enoletni program predlagala izdelavo dokumentacije, ki je v tako kratkem času ni bilo mogoče izdelati. Zato je ministrstvo za promet zaprosilo Evropsko komisijo za podaljšanje roka za koriščenje sredstev do konca leta 2006, kar je Evropska komisija tudi odobrila.
Sredstva lastne udeležbe za leto 2005 so bila zagotovljena v zakonu o poroštvu Republike Slovenije za obveznosti Javne agencije za železniške promet iz naslova kreditov, najetih za zagotavljanje lastne udeležbe v letu 2005, za projekte, ki se izvajajo v okviru programa investicij, sofinanciranih s sredstvi Evropske unije, in za pokrivanje stroškov in obresti iz naslova kredita, ki ga je Javna agencija za železniški promet najela za vzdrževanje in investicijsko vzdrževanje železniške infrastrukture v letih 2003 in
2004.