Slabo stanje javne železniške infrastrukture je tudi posledica neustrezne in neracionalne ureditve v zakonu o železniškem prometu, ki opredeljuje položaj javne agencije za železniški promet kot upravljavca in železnico kot pooblaščenega upravljavca javne železniške infrastrukture in s tem povezane razdrobljenosti strokovnih zmogljivosti nezagotavljanja sredstev iz evropskih strukturnih skladov zaradi nepripravljene dokumentacije za ključne razvojne projekte s strani agencije za železniški promet.
Neposredni vpliv na poslovanje je imelo tudi zmanjševanje števila zaposlenih, ki pa ima za posledico tudi to, da bo treba v letu 2005 pospešeno reševati določena strukturna nesorazmerja oziroma odpraviti pomanjkanje določenih profilov v izvršilni dejavnosti. Poslabšuje se stanje na področju zagotavljanja voznih sredstev, kar je tudi rezultat premajhnih vlaganj v vzdrževanje in razvoj, zato bo treba v bodoče sprejeti vse potrebne ukrepe za
izboljšanje stanja na tem področju in dolgoročno omogočiti pogoje za realizacijo načrtovanih stopenj rasti obsega dela.